События Crysis разворачиваются в недалёком будущем, на островах Лингшан в Филиппинском море. Согласно сюжету игры, эти острова уже не первый раз волнуют общественность конфликтами, развивающимися на своей территории. В игре рассказывается о новом лидере КНДР, который проводит экономические реформы и укрепляет свои позиции в Тихом океане, взяв под контроль небольшие островные государства.